Hoofdstad van je microbioom
Je lichaam zit vol microben. Wel honderdduizend miljard. Meer dan dat je eigen cellen hebt. En de hoofdstad van dit zogenaamde microbioom is je darmstelsel. Je darmmicroben zitten daar dan ook niet voor niets. Ze zijn bijvoorbeeld onmisbaar voor de vertering van je dieet en de ondersteuning van je immuunsysteem. De diversiteit aan darmmicroben is voor ieder individu uniek. Sterker nog, niemand anders op aarde heeft dezelfde samenstelling aan darmmicroben. Zo is het dus unieker dan je vingerafdruk. Poep bestaat voor ongeveer 50% uit darmmicroben en is daarom een uitstekend middel om de microbiële diversiteit in je darmen te bepalen.
Maakbaar maar kwetsbaar
Veel micro-organismen worden van generatie op generatie doorgegeven, en jouw persoonlijke diversiteit is vrij stabiel. Toch kan je zogenaamde darmmicrobiota binnen enkele dagen tot maanden radicaal veranderen na bepaalde gebeurtenissen, zoals immigratie naar een ander land of een antibioticabehandeling, maar ook een Westers (vezelarm) dieet. En hoewel deze maakbaarheid een mogelijke weg biedt voor de behandeling van allerlei ziekten die verband houden met je microbiota, maakt het je ook kwetsbaar.
Oerpoep
Je darmmicroben zijn dus ontzettend belangrijk voor je gezondheid. Door meer te weten te komen over de darmmicroben die wij sinds onze voorouders zijn verloren, zouden we een inkijkje kunnen krijgen in de relatie tussen die microben, ons gedrag en onze gezondheid. Onderzoekers uit de VS en Canada wenden zich daarvoor tot een ‘microbiële tijdmachine': oerpoep (of officieel paleofaeces). Ze onderzochten aan de hand van DNA de microbiële diversiteit in menselijke poepmonsters van 1.000-2.000 jaar oud uit het Zuidwesten van de VS en Mexico. Zo kregen ze waardevolle inzichten in de darmmicrobiota uit een tijd vóór de industrialisatie.
Afwijkend
In de oerpoep vonden de onderzoekers 181 soorten darmmicroben waarvan 39% nieuw was voor de wetenschap. Ze vergeleken deze met poep van moderne mensen met geïndustrialiseerde en niet-geïndustrialiseerde levensstijlen. Hier in het Westen zijn wij sinds de industrialisatie steeds verder van de natuur komen te staan in vergelijking met bevolkingsgroepen in minder ontwikkelde landen. Het resultaat hiervan vonden ze terug in de oerpoep. Zo vonden ze veel soorten, waaronder Treponema succinifaciens, die verloren zijn gegaan in industriële populaties, maar nog steeds veelvoorkomend zijn in niet-geïndustrialiseerde darmstelsels. Het tegenovergestelde vonden ze ook. Hieruit blijkt dat niet-geïndustrialiseerde microbiomen vergelijkbaarder zijn met de microbiomen van onze menselijke voorouders, en dat de darmmicrobiota van geïndustrialiseerde mensen zijn gaan afwijken.
Van insecten tot antibiotica
Ook keken de onderzoekers naar de genen van de microben in de oerpoep. Ze ontdekte veel genen die coderen voor de afbraak van het molecuul chitine. Dit is een bestanddeel van de exoskeletten van insecten. Dit bevestigd de aanname dat insecten een vast onderdeel waren van het dieet van onze voorouders.
Daarnaast blijken de microben in de oerpoep nog bijna geen genen voor antibioticaresistentie te bevatten, terwijl onze darmmicroben daar vol mee zitten. Dit laat zien dat onze darmmicroben - een afspiegeling zijn van onze levensstijl in het Westen - steeds ‘onnatuurlijker’ worden. De onderzoekers hopen met hun resultaten ons aan het denken te zetten over hoe wij leven en met de natuur omgaan. Want ondanks dat wij er ons niet naar gedragen, zijn we nog steeds onderdeel van de natuur.
Bron
Wibowo & Kostic, 2021. Reconstruction of ancient microbial genomes from the human gut.